Einen Wettbewerb entschied unter über 150 Architekten der Amerikaner Libeskind für sich und zeichnete für das in 1998 fertiggestellte gleichnamige Gebäude verantwortlich. Der kreative Architekt schuf eines der spektakulärsten Museumsbauten in ganz Deutschland. Der aus der Luft betrachtete Grundriss des Gebäudes kommt daher am ehesten einem Zickzack-Kurs gleich und soll "zwei Linien, zwei Strömungen des Denkens, der Organisation und Beziehungen" darstellen laut Libeskind.

Im Januar 1999 erreichte Das Museum einen autonomen Status als Stiftung des öffentlichen Rechts. Die Erweiterung des Gebäudes fand im Jahr 2007 statt in dem der Glashof eröffnet wurde, der vollkommen lichtdurchflutet einen Veranstaltungsraum beherbergt. Der Museumsort ist zentraler Punkt für die unterschiedlichsten Programme. So werden hier Konzerte, Lesungen aber auch aktive Kurse für Kids und Jugendliche angeboten um die Interaktion zu fördern. Das Jüdische Museum Berlin versteht sich als Vermittler der umfassenden deutsch-jüdischen Geschichte und Kultur.